Pat lalu meminta Sheriff Kimball untuk menunjuknya sebagai wakil sheriff sampai masa jabatannya dimulai pada Januari 1881. Sherrif Pat dan anak buahnya mulai melakukan aksinya dengan mengepung peternakan Dedrick di Bosque Grande pada 30 November, guna memburu Billy the Kid. Tapi sayangnya, mereka hanya bisa menangkap John Webb yaitu seorang pembunuh yang juga diduga melakukan aksi pencurian seekor kuda, George Davis.
Pada 19 Desember 1880, kelompok penjahat yakni Bonney, Billy Wilson, Charlie Bowdre, Tom Pickett, dan Tom O'Folliard bergerak ke Fort Sumner. Pat dan anak buahnya yang telah menerima informasi tersebut langsung merencanakan penyergapan. Tetapi saat eksekusi, Pat salah mengira O'Folliard sebagai Bonney dan menembaknya hingga tewas. Bonney sendiri akhirnya berhasil lolos.
Tiga hari kemudian, Pat dan anak buahnya mengelilingi para buronan di Stinking Springs dan berhasil menangkap Bonney bersama anak buahnya. Pada 15 April, Hakim Warren Bristol memvonis Billy the Kid dengan hukuman gantung, namun ia berhasil lolos sebelum hukuman tersebut dilaksanakan.
Kemudian pada Juli ketika Pat pergi ke Fort Sumner. ia mendapati Kid tinggal bersama Pedro Maxwell yaitu seseorang yang telah memberinya pekerjaan pada Pat saat pertama kali tiba di New Mexico. Pat kemudian menyelinap ke rumah Maxwell pada larut malam dan bersembunyi di dapur Maxwell. Bonney terbangun dan tiba-tiba masuk ke dapur. Dalam kegelapan, ia tidak bisa melihat Pat dengan baik dan berulang kali bertanya "Siapa itu?" Pat lalu membalas pertanyaan itu dengan dua tembakan yang membunuh Bonney.
Setelah kematian Billy the Kid, media membuat Pat menjadi pahlawan rakyat. Pada 1882, Pat dan penulis hantu, Marshall Upson, menerbitkan buku tentang si penjahat tersohor itu dengan judul 'The Authentic Life of Billy the Kid'. Meski buku itu tidak berhasil saat dirilis, edisi orisinalnya menjadi warisan berharga selama ini.
Pat tidak melanjutkan kariernya sebagai sheriff dan pada 1882, ia pindah ke Texas ketika ia ditunjuk oleh Gubernur John Ireland sebagai Texas Rangers. Tapi Pat mengundurkan diri tak lama kemudian dan kembali ke peternakannya di dekat Roswell, New Mexico. Pada 1892 Garrett dan keluarganya pindah ke Uvalde, Texas, di mana ia lalu berteman dengan Wakil Presiden AS masa depan, John Nance Garner.