RUU Terorisme memang sempat menimbulkan pro-kontra terutama terkait wacana melibatkan TNI dalam penanggulangan terorisme. Ada pihak mendukung TNI dilibatkan karena dalam kesatuan militer kini memiliki unit-unit antiteror bahkan di tiap-tiap matra. Tapi, ada juga pihak yang menentang karena dikhawatirkan bisa melampaui kewenangan militer.
Bamsoet menegaskan, begitu definisi teroris itu disepakati maka DPR segera mengesahkan RUU Terorisme menjadi undang-undang pada masa sidang mendatang. "Jika pemerintah sudah sepakat tentang definisi terorisme, RUU Terorisme bisa dituntaskan pada masa sidang mendatang," tutur politikus Golkar itu.
Sementara Ketua Presidium Indonesian Police Wacth (IPW) Neta S Pane mengungkapkan, tragedi kericuhan di Rutan Mako Brimob, Kelapa Dua, Depok, Jawa Barat yang kemudian disusul peristiwa bom bunuh diri di tiga gereja Surabaya tidak ada hubungannya dengan RUU Terorisme.
Dalam UU yang lama sudah dikelas bahwa TNI diperbantukan kepada Polri untuk turut membantu memberantas teroris dan bentuk ancaman keamanan lainnya di Indonesia.