Bea Cukai juga menerapkan prinsip manajemen risiko perubahan manifest, di mana perubahan dapat dilakukan secara online, dan tidak semua perubahan wajib mendapat persetujuan Kepala Kantor, pencantuman Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP), serta otomasi penutupan pos manifest.
Penerapan Manifest Generasi III sendiri telah dilakukan secara bertahap mulai 28 Desember 2017 di Kantor Pabean di Jakarta. Sampai dengan Agustus 2018, sistem ini telah diterapkan secara bertahap pada 12 Kantor Pabean utama di seluruh Indonesia yang meliputi 6 pelabuhan dan 7 bandara utama, di mana secara statistik mewakili lebih dari 80% volume impor dan ekspor nasional.
“Pada tanggal 26 September 2018, sistem Manifest Generasi III diberlakukan di seluruh pelabuhan dan bandara internasional yang diawasi oleh 104 Kantor Pabean di seluruh Indonesia,” ujar Heru.
Pengimplementasian Manifest Generasi III telah memberikan dampak positif dan menciptakan berbagai kemudahan. Di antaranya penurunan dwelling time, khususnya pre-clearance di mana berdasarkan data di Pelabuhan Tanjung Priok, terjadi penurunan pre-clearance sebesar 0.81 hari atau 19,69% setelah mandatory sistem Manifest Generasi III.
Manfaat lainnya yang juga dirasakan adalah percepatan proses clearance di Bandara. Manifest Generasi III telah menghilangkan proses perincian pos manifest yang selama ini mencapai 11.500 proses per bulan. Hal ini mengakibatkan proses clearance berkurang sebesar 2 hingga 8 jam atau sebesar 20% s.d. 80 % dari sebelumnya, serta mengurangi biaya, dan beban administrasi.