2. Melarikan Diri dan Tinggal di Malaysia
Setelah ditangkap, tepatnya pada 1985 kasusnya masuk kasasi dan Ba'asyir serta Sungkar dikenai tahanan rumah, saat itulah Ba'asyir dan Abdullah Sungkar melarikan diri dan tinggal di Malaysia selama 17 tahun. Menurut pemerintah AS, pada saat di Malaysia itulah Ba'asyir membentuk gerakan Islam radikal, Jamaah Islamiyah (JI) yang menjalin hubungan dengan Al-Qaeda.
3. Mendirikan JI, MMI dan JAT
Saat tinggal di Malaysia, tepatnya pada 1993 Ba'asyir tercatat mendirikan Jemaah Islamiyah (JI). Dalam aktivitasnya, CIA mencatat Ba'asyir terkait dengan Al-Qaeda. Selanjutnya pada 1999, Ba'asyir kembali dari pelariannya di Malaysia dan merintis Majelis Mujahidin Indonesia (MMI). Lalu, pada Juli 2008 Ba'asyir disebut telah keluar dari MMI dan mendirikan Jemaah Anshorut Tauhid (JAT).