4. Jadi Sorotan Amerika Serikat (AS).
Pada 2002, Majalah TIME menulis berita dengan judul ‘Confessions of an Al Qaeda Terrorist’ di mana ditulis bahwa Ba'asyir sebagai perencana peledakan di Masjid Istiqlal. TIME menduga Ba'asyir sebagai bagian dari jaringan terorisme internasional yang beroperasi di Indonesia.
TIME mengutip dari dokumen CIA, menuliskan bahwa pimpinan JI Abu Bakar Ba'asyir ‘terlibat dalam berbagai plot’. Ini menurut pengakuan Umar Al-Faruq, seorang pemuda warga Yaman berusia 31 tahun yang ditangkap di Bogor dan dikirim ke pangkalan udara di Bagram, Afganistan, yang diduduki AS.
Al-Faruq mengeluarkan pengakuan kepada CIA. Tak hanya mengaku sebagai operator Al-Qaeda di Asia Tenggara, dia mengaku memiliki hubungan dekat dengan Ba'asyir. Menurut berbagai laporan intelijen yang dikombinasikan dengan investigasi majalah TIME, Ba'asyir disebut bercita-cita membentuk negara Islam di Asia Tenggara.
5. Baasyir Mengecam AS
Ba'asyir menganggap, AS berada di balik eksekusi atas dirinya. Pada 2002, Ba'asyir mengadakan konferensi pers di Pondok Al-Islam, Solo. Dalam jumpa pers itu ia mengatakan peristiwa ledakan di Bali merupakan usaha AS untuk membuktikan tudingannya selama ini bahwa Indonesia adalah sarang teroris.
6. Terlibat Dukungan Bom Bali hingga Terorisme di Aceh
Pada 2004 Ba'asyir ditangkap dengan tuduhan terlibat Bom Bali I 2002 dan Bom Hotel JW Marriot 2003. Ba'asyir dinyatakan bersalah namun lolos dari jeratan terkait Bom Bali II 2003. Ba'asyir divonis hukuman 2,6 tahun penjara, namun masa kurungannya dikurangi 4 bulan dan 15 hari terkait remisi. Pada Juni 2006 Ba'asyir bebas.
Pada 2010, Ba'asyir kembali ditangkap polisi karena ditengarai terlibat dalam pendanaan kelompok bersenjata di Aceh. Pada 2011, Ba'asyir dijatuhi hukuman penjara 15 tahun oleh majelis hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan, setelah dinyatakan terlibat dalam pendanaan latihan teroris di Aceh dan mendukung terorisme di Indonesia.