Selain menempuh pendidikan di pondok pesantren KH Anwar Iskandar juga meneruskan jenjang pendidikan formalnya di Perguruan Tinggi (PT) Tribakti Kediri. Sampai pada tahun 1969 KH. Muh. Anwar Iskandar menyandang gelar Sarjana Muda.
Pada tahun 1970, KH. Muh. Anwar Iskandar meninggalkan pondok pesantren Lirboyo Kediri menuju Jakarta untuk menyelesaikan program sarjana lengkap di IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta dengan mengambil Fakultas Adab Jurusan Sastra Arab.
(Fahmi Firdaus )