Bahkan kelahirannya pun kontroversial dan menjadi rumor yang selalu dibantahnya selama bertahun-tahun. Dia disebut-sebut diadopsi dari Nigeria tenggara pada saat perang Biafra.
Alain Bernard muda masih berada di bangku sekolah dasar ketika ayahnya Omar Bongo mengambil alih Gabon pada 1967. Namun, kritik yang akan menghantuinya di kemudian hari sudah mulai dilontarkan.
"Dia tidak dilahirkan di istana presiden, tapi hampir saja. Dia berusia sekitar delapan tahun ketika ayahnya menjadi presiden," kata François Gaulme, sejarawan Prancis dan penulis politik Gabon, kepada BBC.
"Fakta bahwa dia bersekolah di sekolah terbaik di Libreville dan tidak belajar bahasa lokal adalah sesuatu yang kemudian dikritiknya,” lanjutnya.
Pada usia sembilan tahun, Ali Bongo dikirim ke sekolah swasta di Neuilly, pinggiran kota Paris, dan kemudian, ke Sorbonne tempat dia belajar hukum. Pendidikan internasional ini membuat banyak orang di Gabon memandangnya sebagai orang luar.
Alain Bernard menjadi Ali dan ayahnya Omar pada 1973, setelah masuk Islam - satu-satunya anggota keluarga mereka yang memeluk Islam.
Keputusan tersebut secara luas dipandang sebagai cara untuk menarik investasi dari negara-negara Muslim. Namun Bongo yang lebih tua, yang sebelumnya menganut animisme dan tidak dibaptis dalam iman Kristen, juga mengemukakan alasan spiritual atas pertobatannya.