Sepanjang perang di Jalur Gaza, yang dipicu oleh serangan Hamas terhadap Israel pada 2023, Israel menuduh badan tersebut telah disusupi oleh Hamas, dengan mengatakan bahwa para militan menggunakan fasilitasnya dan merebut bantuan. Israel hanya memberikan sedikit bukti untuk klaim tersebut, yang telah dibantah oleh PBB. Pendukung UNRWA mengatakan serangan Israel terhadap badan tersebut bertujuan untuk mengesampingkan isu pengungsi Palestina, salah satu isu paling kontroversial dalam konflik Israel-Palestina.
Warga Palestina berpendapat bahwa mereka yang melarikan diri atau diusir dari wilayah yang kini menjadi Israel dalam perang 1948 yang mengiringi pembentukan negara tersebut harus diizinkan kembali, sementara Israel mengatakan para pengungsi harus dimukimkan kembali secara permanen di luar perbatasannya.
Pemerintahan Trump memangkas pendanaan untuk lembaga tersebut pada 2018. Knesset Israel tahun lalu mengesahkan undang-undang yang melarang lembaga itu beroperasi di wilayah yang didefinisikan sebagai Israel — termasuk Yerusalem Timur, tempat organisasi tersebut bermarkas. Undang-undang itu memutuskan semua hubungan antara pegawai pemerintah dan UNRWA — sehingga koordinasi menjadi mustahil — serta mencabut kekebalan hukum stafnya.