Ada, setidaknya, tiga tantangan besar yang akan dihadapi oleh NU. Pertama, hubungan dengan negara. Lima tahun ke belakang, suara-suara kritis NU kepada pemerintah terdengar lirih. Lirihnya suara ini terkait erat dengan dukungan PBNU pada program-program pemerintah. Mulai dari pengelolaan tambang sampai program MBG. Dapat dilihat bahwa setelah mengajukan permohonan izin pengelolaan tambang pada tahun 2024, tidak banyak, bahkan tidak ada lagi, suara-suara dari PBNU tentang dampak ekologi dari pengelolaan tambang.
Begitu pun setelah PBNU mendapatkan tugas dari Badan Gizi Nasional (BGN) untuk mengelola 1.000 titik Satuan Pelayanan Pemenuhan Gizi (SPPG) atau dapur Makan Bergizi Gratis (MBG) pada tahun 2025, tidak ada suara dari PBNU tentang bagaimana program tersebut berpotensi menghambat sektor pendidikan karena menggunakan 20% anggaran pendidikan ataupun dampak terhadap anak-anak yang mengalami keracunan setelah menyantap MBG ini.
Pertanyaannya kemudian adalah bagaimana NU dapat dekat dengan pemerintah tanpa kehilangan independensi kritisnya. Mari kita tengok bagaimana salah satu pendiri NU, KH Abdul Wahab Chasbullah, masuk ke dalam kekuasaan ketika para kiai menolak masuk ke dalam kabinet Hatta pada tahun 1948. Menurut Kiai Wahab, NU perlu dekat dengan pemerintah karena ketika dekat dengan pemerintah (duduk di kabinet), terbuka situasi dan kesempatan untuk mengubah situasi munkar dengan perbuatan (Zuhri, 2013). Hal tersebut terbukti karena kedekatannya dengan Presiden Soekarno pada saat itu membuat NU dapat mengawal pemerintahan dan memberikan pertimbangan-pertimbangan strategis, seperti perlu tidaknya berunding soal Irian Barat dengan pihak Belanda. Selain itu, kita juga dapat melihat pengalaman hubungan antara Gus Dur dan Presiden Soeharto. Gus Dur adalah salah satu pengkritik paling keras Presiden Soeharto, tetapi di sisi lain Gus Dur tetap berkomunikasi dengan sang presiden.
Dari kedua contoh tersebut, dapat dilihat bahwa NU dalam sejarahnya tidak sedikit memilih untuk mendukung negara, tetapi tidak selalu mendukung kebijakan pemerintah. Pilihan-pilihan tersebut didasarkan pada pentingnya memiliki akses ke kekuasaan. Dan salah satu syarat untuk memiliki daya tawar ketika masuk ke ruang kekuasaan adalah memiliki basis legitimasi sendiri. Oleh karena itu, bukan hal yang baik ketika memilih menggantungkan legitimasi pada kekuasaan. Menggantungkan legitimasi pada negara berpotensi mengubah NU dari kekuatan masyarakat sipil menjadi perpanjangan legitimasi negara. Hal ini juga sesuai dengan mukadimah dalam Qanun Asasi tentang pentingnya NU mendapat otoritas dan legitimasi dari jamaah, ulama, pesantren, atau tradisi keilmuan, bukan dari kekuasaan.
Kedua, masalah internal. Beberapa waktu lalu, internal PBNU mengalami kondisi yang tidak baik-baik saja. Gus Yahya, sebagai ketua umum NU, bahkan sempat dipecat oleh Rais Aam melalui Keputusan Syuriyah PBNU pada 26 November 2025. Alasan utama di balik pemecatan tersebut adalah keterlibatan Gus Yahya dalam jaringan Zionis dan pelanggaran tata kelola keuangan PBNU. Perselisihan ini akhirnya dapat didamaikan oleh rekomendasi-rekomendasi yang keluar dari Forum Musyawarah Kubro di Ponpes Lirboyo. Dari permasalahan internal ini dapat dilihat bahwa NU akan selalu dibayangi ketegangan internal yang dipicu oleh berbagai hal, baik kepemimpinan maupun kebijakan-kebijakan strategis organisasi.
Perbedaan adalah keniscayaan. Akan tetapi, bagaimana perbedaan ini dapat dikelola dengan baik dan menjadi kekuatan dalam menjalankan roda organisasi. Mari kita tengok kembali sejarah panjang NU dalam mengelola perbedaan. Dalam Muktamar NU tahun 1984 ada keputusan besar tentang kembali ke Khittah 1926. Hasil dari keputusan tersebut, NU dihadapkan pada bayang-bayang konflik besar di kalangan warga Nahdiyin karena pilihan untuk meninggalkan politik praktis. Potensi konflik kemudian berhasil diredam karena NU tidak memaksakan keseragaman pilihan politik warganya. Ini contoh bagaimana perbedaan dapat dikelola dengan baik.
Pengelolaan perbedaan dapat diawali dengan keharusan untuk berpegang teguh pada prinsip-prinsip dasar organisasi, yaitu berakar pada ajaran Ahlussunnah wal Jamaah (Aswaja) yang menjunjung tinggi nilai Islam sebagai rahmat sekalian alam. Kesamaan akan prinsip ini perlu selalu dijaga karena hal tersebut adalah common ground NU. Persamaan common ground ini bisa menjadi modal ketika perbedaan muncul. Selain itu, dalam struktur organisasi NU, keberadaan Syuriyah dan Tanfidziyah dapat dijadikan mekanisme checks and balances dalam penyelesaian perbedaan yang mungkin muncul di dalam organisasi.
Keberadaan tradisi bahtsul masail juga menyediakan model penyelesaian perbedaan. Perbedaan yang muncul bisa diajukan dalam bahtsul masail dan bisa dibahas bersama dan diselesaikan bersama. Setiap perbedaan harus diyakini akan selalu dapat dicari solusinya. Dan ketika perbedaan itu semakin meruncing, seakan tidak ada solusi, selalu ingat pesan Hadratussyaikh KH Hasyim Asy’ari dalam mukadimah Qanun Asasi tentang pentingnya persatuan atau al-ittihad. Dalam suatu kesempatan, Gus Kikin pun mengamini hal tersebut bahwa salah satu tugas NU adalah mendamaikan atau mengislahkan perbedaan.