Prestasi moncer Johan Budi bukan tanpa masalah. Dia dua kali dilaporkan ke polisi. Pertama oleh Partai Keadilan Sejahtera (PKS) rentang Mei 2013. Saat itu, KPK tengah menyidik kasus eks Ketua Umum PKS Lutfi Hasan Ishaq. PKS melaporkan Johan Budi karena menyebut PKS tidak kooperatif dalam penyitaan harta milik LHI yang tersangkut suap.
Lain itu, Johan Budi juga dilaporkan Andar Situmorang, pimpinan salah satu LSM. Dia melaporkan Johan Budi menyalahgunakan wewenang karena menemui orang yang berperkara di KPK, yaitu Nazarudin. Pertemuan dilakukan di rentang 2011, dua kali di kediaman Nazarudin dan dua kali di restoran.
Sebagai salah satu petinggi KPK, Johan dikenal sebagai sosok yang sering menyampaikan surat pengunduran diri. Pada 2011, pria yang dikenal berani ini pernah mengajukan surat pengunduran dirinya sebagai juru bicara KPK. Dia mengaku, ingin lebih fokus dalam menjalani proses seleksi calon pimpinan KPK saat itu.
Di sisi lain, surat pengunduran diri ini juga dimaksudkan Johan untuk memberikan keleluasaan kepada Deputi Pengawasan Internal KPK dalam melakukan pemeriksaan terhadapnya. Adapun saat itu Johan disangka terseret dalam kasus korupsi wisma atlet ketika sebelumnya Muhammad Nazarudin menudingnya ikut dalam pertemuan di Hotel Formula One, Cikini. Namun, pimpinan KPK saat itu meminta Johan untuk tetap bertahan sebagai juru bicara KPK.
Kontradiksi dengan pengunduran diri Johan, pada 2012 KPK pernah diminta untuk memecat Johan. Hal ini disampaikan oleh anggota Komisi III DPR RI kala itu, Said Muhammad. Alasannya, Johan dinilai bersikap tidak selayaknya juru bicara KPK. Bahkan, sikap Johan dianggap melebihi komisioner KPK.