Di zaman pendudukan Jepang, Moeffreni bersama Supriyadi, Daan Mogot serta Kemal Idris, ikut pelatihan Seinen Dojo atau Barisan Pemuda dari kepanduan itu. Mereka dilatih di Tangerang selama 6 bulan lamanya.
Pascalulus, Moeffreni kembali masuk pendidikan perwira Pembela Tanah Air (PETA). Lulus setelah 6 bulan pelatihan PETA di Bogor, Moeffreni melanglang buana jadi instruktur PETA di daerah-daerah.
Seperti jadi instruktur Renseitai di Cimahi, hingga Redentai di Magelang yang juga berbarengan dengan Zulkifli Lubis, Sarwo Edhi dan Ahmad Yani yang kelak jadi pahlawan revolusi. Tak sampai setahun lamanya jadi instruktur di berbagai tempat, pada 1944 Moeffreni sudah ditempatkan lagi di Daidan I PETA Jakarta dengan markas di Jaga Monyet (kini kawasan Harmoni, Jakarta Pusat).
Ditunjuk Jadi "Panglima" Teritorial Jakarta Raya
Sebagaimana para prajurit dan perwira PETA lainnya, Moeffreni ikut meleburkan diri di Badan Keamanan Rakyat (BKR). Embrio Tentara Keamanan Rakyat (TKR, kini TNI). Kariernya yang cukup gemilang membuat Moeffreni ditunjuk oleh Ketua BKR Pusat Kasman Singodimedjo, sebagai Ketua BKR Jakarta Raya.
Ya, Moeffreni sudah dipercaya jadi “panglima” BKR Jakarta yang meliputi Jatinegara, Pasar Senen, Mangga Besar, Penjaringan dan Tanjung Priok di usia sekitar 24-25 tahun! Reputasinya juga membawa kepercayaan Presiden Ir Soekarno untuk meminta Moeffreni melatih Barisan Pelopor.
Memimpin BKR Jakarta, Moeffreni juga membagi-bagi kesatuan-kesatuannya berdasarkan sektor, seperti Jakarta Pusat (dipimpin Sadikin dan Soedarsono, Jakarta Utara (Martadinata dan M Hasibuan), Jakarta Selatan, Jakarta Timur (Sambas Atmadinata dan Sanusi Wirasuminta) dan Jakarta Barat. Tidak ketinggalan dibentuk satuan-satuan kecil di tiap kewedanan.
Urusan persenjataan, lazimnya di daerah-daerah lain, Moeffreni dan pasukannya pun acap melakukan pelucutan. Salah satunya pelucutan senjata serdadu Jepang di tangsi Desa Cilandak, Kebayoran Baru.
“Bukan kita mau membunuh orang, tapi untuk mempertahankan (Republik Indonesia) perlu senjata. Kalau mereka (serdadu Jepang) baik-baik, senjata itu kita ambil baik-baik. Kalau mereka tidak baik, terpaksa kita rampas. Itu saya kira lumrah,” cetus Moeffreni di buku ‘Jakarta-Karawang-Bekasi dalam Gejolak Revolusi’.
Moeffreni juga bertanggung jawab terhadap pengamanan Bung Karno dan Bung (Mohammad) Hatta kala menyambangi lautan manusia di rapat raksasa Lapangan Ikada (kini Lapangan Monas).