Melihat situasi politik tersebut, pada tanggal 27 Pebruari 1682 pasukan Sultan Ageng Tirtayasa Istana Surosowan untuk mengepung Sultan Haji dan VOC yang telah menduduki Istana Surosowan. Serangan itu dapat menguasai kembali Istana Surosowan dan Sultan Haji segera dibawa ke loji VOC serta mendapat perlindungan dari Jacob de Roy.
Mengetahui bahwa Sultan Haji telah berada di bawah perlidungan VOC, pasukan Sultan Ageng Tirtayasa bergerak menuju loji VOC untuk menghancurkannya. Di bawah pimpinan Kapten Sloot dan W. Caef, pasukan Sultan Haji bersama-sama dengan pasukan VOC mempertahankan loji itu dari kepungan pasukan Sultan Ageng Tirtayasa.
Baca juga: Cerita Si Kapuk dan Si Kumbang, Dua Macan Gaib Peliharaan Sultan Banten
Akibat perlawanan yang sangat kuat dari pasukan Sultan Ageng Tirtayasa, bantuan militer yang dikirim dari Batavia tidak dapat mendarat di Banten. Akan tetapi, setelah ada kepastian bahwa VOC akan diberi izin monopoli perdagangan di Banten oleh Sultan Haji, pada 7 April 1682 bantuan dari Batavia itu memasuki Banten di
bawah komando Tack dan De Saint Martin. Dengan kekuatan yang besar, pasukan VOC menyerang Keraton Surosowan dan Keraton Tirtayasa serta berhasil membebaskan loji VOC dari kepungan Sultan Ageng Tirtayasa.
Baca juga: Kisah Penemuan Keraton Surosowan dan Masjid Banten Usai Dihancurkan Daendels
Meskipun demikian, Sultan Ageng Tirtayasa terus melakukan perlawanan hebat yang dibantu oleh orang-orang Makassar, Bali, dan Melayu. Markas besar pasukannya ada di Margasama yang diperkuat oleh sekitar 600 sampai 800 orang prajurit di bawah komando Pangeran Suriadiwangsa. Sementara itu, Pangeran Yogya mempertahankan daerah Kenari dengan kekuatan sekitar 400 orang, Kyai Arya Jungpati dengan jumlah pasukan sekitar 120 orang mempertahankan daerah Kartasana.