Tapi pertemuan Kolonel Gatot dengan Slamet Rijadi bukan membahas peristiwa dengan Pasukan Siliwangi itu, melainkan soal perintah Pangsar Soedirman untuk menyelesaikan Madiun Affair atau yang kini disebut Pemberontakan PKI Madiun 1948.
“Sekitar dua kompi anak buah Mayor Soedigdo menurut laporan sudah terinfiltrasi merah (PKI/Front Demokrasi Rakyat atau FDR) dan akan segera menyeberang ke Madiun. Kembalikan mereka ke pangkuan Ibu Pertiwi!” begitu perintah Kolonel Gatot.
Slamet segera mengerjakan perintah itu dan berangkat ke markas Batalion Soedigdo di Wonogiri, bersama Kapten Soetanto Wirjosapoetro, Kapten Ari Amangku dan Kapten Tjokropranolo (Noly) dengan meminjam mobil Komandan Polisi Tentara, Kolonel Soenarjo.
Misi ke Wonogiri pun perjalanannya relatif lancar, meski waktu itu mereka juga sangat waspada jika melewati berbagai pos penjagaan. Karena–sekali lagi, mereka tak tahu siapa lawan, siapa kawan.