Dia kemudian menghabiskan satu tahun di pengasingan sebelum kembali ke Gaza. Pada 1997, ia diangkat menjadi kepala kantor pemimpin spiritual Hamas, sehingga memperkuat posisinya.
Haniyeh diangkat sebagai perdana menteri Palestina pada 2006 oleh Presiden Mahmoud Abbas tetapi diberhentikan setahun kemudian setelah kelompok tersebut menggulingkan partai Fatah pimpinan Abbas dari Jalur Gaza dalam seminggu kekerasan yang mematikan.
Haniyeh menolak pemecatannya karena dianggap inkonstitusional, dan menekankan bahwa pemerintahannya tidak akan mengabaikan tanggung jawab nasionalnya terhadap rakyat Palestina dan terus memerintah di Gaza.
(Susi Susanti)