Selain sempat rusak karena gempa, di masjid ini juga dikenal peristiwa kontroversial pengubahan kiblat oleh KH Ahmad Dahlan. Pendiri Muhammadiyah itu mengoreksi arah kiblat dengan kemiringan 23 derajat dari arah kiblat sebelumnya.
Di masa revolusi fisik (1945-1949), masjid ini sering jadi tempat dua pemimpin kenamaan, Panglima Besar (Pangsar) Jenderal Soedirman dan Sri Sultan Hamengku Buwono (HB) IX salat dan berdoa tengah malam. Sebagaimana yang diceritakan Soegiri Sumodarsono, eks ajudan Pangsar Jenderal Soedirman dalam ‘Vidya Yudha’ terbitan IX Januari 1970:
“Sering sekali Panglima Besar TNI, Letdjen Soedirman pada tahun 1948 ditengah malam berada di mesjid besar Alun2 Utara Jogjakarta; kadang2 sampai pagi hari memohon kepada Ilahi. Di tempat jang sama dan waktu jang sama pula tampak pula Sultan HB-IX dengan maksud jang sama pula,”
Selain masih difungsikan sebagai tempat ibadah, Masjid Gedhe Kauman juga jadi salah satu daya tarik wisata di Kota Yogyakarta.
(Awaludin)