Mojtaba Khamenei dikenal sebagai sosok berpengaruh yang bekerja di balik layar kekuasaan Ayatollah Ali Khamenei.
Dia juga berperan sebagai jembatan utama antara sang ayah dengan institusi militer, badan intelijen, dan kelompok politik konservatif garis keras. Hampir semua keputusan strategis disebut melibatkan keterlibatannya secara langsung maupun tidak langsung.
Dalam Pemilu Presiden 2005 dan 2009, Mojtaba berperan besar dalam mengantar kemenangan Mahmoud Ahmadinejad dengan mengerahkan dukungan dari jaringan Basij sebagai simbol kekuatan rakyat miskin dan konservatif.