Amerika Serikat memiliki kepentingan besar di Papua dengan perusahaan Freeport-McMoran nya. Perusahaan Freeport telah menambang lebih dari 7,1 miliar ton emas dari bumi Papua dan kebanyakan keuntungannya mengalir ke AS. Hal ini disebabkan oleh kontrak karya yang diteken oleh Pemerintahan Soekarno pada 1967, yang pada saat itu perjanjiannya melemahkan posisi Indonesia. OPM bertujuan untuk memerdekakan diri dari Indonesia karena merasa tidak ada distribusi pembangunan yang merata ke wilayah Papua. Namun, aparat keamanan tentu tidak tinggal diam dengan membalas aksi-aksi kejahatan OPM dengan strategi yang setimpal. Saat ini Pemimpin Tertinggi OPM yang bernama Jacob Prai berdomisili di Malmo, Swedia sedang mengorganisir OPM dari kantor-kantor perwakilan di negara-negara Eropa dan Australia.
Selain gerakan separatism yang disebutkan tadi, kejadian yang cukup mengagetkan dan merupakan tragedi kemanusiaan yang sangat memukul Indonesia adalah peristiwa Bom Bali pada 2002 silam. Peristiwa tersebut menelan korban jiwa sebanyak 203 orang yang kebanyakan merupakan para turis asing asal Australia dan Inggris, serta turis domestik Indonesia sendiri. Buntut dari tragedi tersebut, pihak kepolisian mendapatkan 28 tersangka yang kemudian dua di antaranya divonis hukuman mati, lima orang tewas dalam pengejaran aparat, serta lainnya divonis seumur hidup dan masih mendekam di penjara khusus
Dalam hal kestabilan politik, organisasi politik seperti Hizbut Tahrir Indonesia (HTI) juga sempat eksis di Indonesia selama belasan tahun yang pada akhirnya dibubarkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Hukum dan HAM Nomor AHU-30.AH.01.08 tahun 2017 yang didasarkan pada Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-undang (Perppu) Nomor 2 Tahun 2017 tentang Organisasi Kemasyarakatan. Dengan mengusung tema-tema khilafah, organisasi HTI kerap menggalang opini yang bertujuan penghasutan dan penyebaran kabar palsu di tengah-tengah masyarakat Indonesia. HTI sendiri merupakan organisasi yang terafiliasi Hizbut Tahrir global yang berkantor pusat di London.